藥局和藥商都需要有藥師或藥劑生進駐，但無論是本質，或登記上的條件、組織類型、經營方式等都有很大的不同。同時，還有一種型態稱之為醫療器材商，更是時常讓首次申請的負責人搞不清楚。
藥局跟藥商有什麼不同?
根據藥事法第19條，藥局必須由藥師或藥劑生親自主持，並可負責調劑藥品、銷售藥品與一定等級內的醫療器材。若藥師或藥劑生經營藥局銷售調劑藥品以外的商品，則需要申請稅籍登記並繳納營業稅。此外，藥局的總面積必須有十八平方公尺以上，並且空間中應設置調劑處所、候藥區、受理處方箋與非處方藥品供應區及藥事諮詢服務區，但不包括廁所及倉庫等。
至於藥商，它是一般的藥妝店，能夠銷售藥品，但無法調劑藥品，同時必須成立公司行號進行經營。如果藥商和藥局要在同一個地址上進行登記，則必須擁有各自獨立的出入口。值得一提的是，現在有些藥妝店已陸續轉型為藥局模式。
藥局需要另外申請醫療器材商許可證嗎?
依據藥事法第19條跟藥事法第34條規定，藥局得兼營一定等級的醫療器材販賣，且不必另外申請藥商許可執照。一定等級醫療器材的定義，依據102年6月10日署授食字第1021603853號規定，為醫療器材管理辦法第一等級，與非植入性之第二等級、第三等級之醫療器材。
開藥局的應備文件是什麼?
只要有調劑業務，就一定要申請藥局執照。若無調劑業務就是申請藥商執照。
需要有藥師證書及二年以上調劑證明。
- 藥局設立登記申請書。
- 負責人身分證正反面影本1張。
- 負責人私章、藥局章(驗戳後發還)(若以郵寄方式申請，於核准後帶章至衛生所審查)。
- 藥局營業場所位置圖暨設備略圖。
- 藥局設立現場調查表。
- 藥事人員登記申請書。
- 藥師（生）入會公會證明。
- 藥師（生）照片2張及私章。
- 藥師（生）身分證正反面影本1份。
- 藥事人員證書正本(驗戳後發還)及影本1份。
- 藥師（生）在職證明1份。
- 二年以上調劑經驗之證明（藥局之負責藥師須檢附）。
成立藥局的流程跟時間?
- 自行確認藥局之負責藥師確實具備二年以上調劑經之證明。(1天)
- 向衛生局確認想登記之藥局名稱，是否有與它人重覆名稱。(1天)
- 自行向縣市政府的都發局和建管處確認土地使用分區規定、建物用途規定是否符合藥局使用。台北市可營業場所線上預先查詢(7-14天)
- 藥局須先裝潢好，名稱招牌要掛上。(不定)
- 加入公會並取得加入公會的證明。(6天)
- 向主管機關申請成立藥局。(6天)
- 向國稅局申請個人執行業務扣繳單位統一編號。(專營調劑業務時)(2天)
- 向國稅局申請營利事業稅籍登記。(另有銷售日用品、藥品、醫療器材時。)(7天)
這是藥局執照。
藥商籌設許可的應備文件?
成立藥商時，若不從事調劑藥務，需要以公司或行號組織進行登記，分為籌設許可和設立登記兩個階段。籌設許可是指藥商申請設立前的許可，而設立登記則是指藥商獲得籌設許可後，實際設立時所需申請的登記。藥商可以銷售藥品，但不能調劑藥品。如果藥商和藥局在同一個地址設立，必須有各自獨立的出入口。
- 負責人身分證影本正反面1份。
- 填寫並回傳事務所提供之查名資料表等文件。
藥商設立登記的應備文件?
- 公司章程及股東名冊。(非公司組織免附)
- 公司設立登記事項表(驗後發還)及影本1份。(非公司組織免附)
- 商號登記表(非商號免附)。
- 藥商營業場所位置圖暨設備略圖。
- 藥商設立現場調查表。
- 藥事人員登記申請書（列冊中藥商免附)。
- 藥師（生）入會公會證明（列冊中藥商免附)。
- 藥師（生）照片二張及私章（列冊中藥商免附)。
- 藥師（生）身分證正反面影本一份（列冊中藥商免附)。
- 藥事人員證書正本(驗戳後發還)及影本一份（列冊中藥商免附)。
- 藥師（生）在職證明一份（列冊中藥商免附)
這是販賣業藥商的許可執照。
成立藥商的流程跟時間?
- 公司行號名稱預查。(3天)
- 申請藥商籌設許可。(3天)
- 申請公司行號登記。(7天)
- 申請藥商設立登記證。(6天)
- 跟國稅局申請稅籍登記。(7天)
以上共約26個工作天，不含中間公文掛號往來的時間。
了解開公司相關訊息：
如何在網路上銷售醫療器材?
- 必須設立合格的醫療器材商或藥局。
- 網路銷售前，須先經過主管機關的同意。
- 網路銷售品項有其限制，只能銷售第一等級和部份第二等級的醫療器材而已。
參考通訊交易通路販售醫療器材之品項及應遵行事項、醫療保健商品之網路銷售及廣告限制
藥局或藥商要怎麼課稅？
若藥師或藥劑生從事調劑藥務，需要申請扣繳單位統一編號，並將收入申報為執行業務所得。此外，調劑後藥品供應所需的必要費用為核定收入總額的20%。其中，取自全民健康保險局之收入區分藥費收入及藥事服務費收入，藥費收入為100%，藥事服務費收入為20%。
若藥局裡除了調劑藥務、銷售藥品外，還有奶粉、尿布等商品，則需申請稅籍登記，並繳納5%的營業稅。但不用繳納營所稅，而是將其全額併入個人綜合所得稅中，級距為5%至40%。
藥商是一般的藥妝店，能夠銷售藥品，但不能調劑。若要成立藥商，需要以公司或行號組織進行登記，分為籌設許可和設立登記兩個階段。營業稅和藥局一樣，為5%，但公司的營所稅為20%，而行號組織不用繳納營所稅，需將其全額併入個人綜合所得稅中，級距為5%至40%。
藥商、藥局、醫療器材商有什麼不同?
| 差異的項目 | 醫療器材商 | 藥商 | 藥局 |
|---|---|---|---|
| 申請人主體 | 公司或行號組織 | 公司或行號組織 | 藥師或藥劑生 |
| 資本額限制 | 無 | 無 | 無 |
| 營業稅 | 5% | 5% | 調劑藥品0% 其它銷售商品5% |
| 所得稅 | 公司：20% 行號：全額併入個人所得5%~40% | 公司：20% 行號：全額併入個人所得5%~40% | 全額併入個人所得5%~40% |
| 法律責任 | 公司：以出資額為上限 行號：無上限理賠責任 | 公司：以出資額為上限 行號：無上限理賠責任 | 無上限理賠責任 |
| 銷售商品類型 | 所有醫療器材商品 | 中、西藥品 | 調劑處方籤等 中、西藥品 第一級與部份第二等級醫療器材 |
| 網路銷售限制 | 第一級與部份第二等級醫療器材 | 僅限乙類成藥 | 僅限乙類成藥 第一級與部份第二等級醫療器材 |
| 證照限制 | 製造與輸入業另需專業技術人員證 | 藥師或藥劑生執照 | 藥師或藥劑生執照 |
| 地點條件限制 | 地點需至少符合辦公室用途 | 地點需至少符合辦公室用途 | 總面積必須有十八平方公尺以上 應設置調劑處所、候藥區、 受理處方箋與非處方藥品供應區及藥事諮詢服務區，但不包括廁所及倉庫等 |
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